Uma auditoria realizada pelo TCU (Tribunal de Contas da União) identificou riscos de conflito de interesses e baixa eficácia na gestão dos recursos do FNDCT (Fundo Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico), voltado ao financiamento de projetos de inovação.
As regras em vigor permitem que instâncias decisórias, como o conselho diretor e os comitês setoriais, sejam compostas por pessoas ligadas a empresas diretamente beneficiadas pelo fundo. A auditoria apontou quase 400 vínculos de até terceiro grau com empresas vencedoras dos editais.
O conselho diretor é quem define as diretrizes para a aplicação dos recursos e é formado por representantes do governo, da comunidade científica, do setor empresarial e dos trabalhadores.
A auditoria também apontou a "ausência de foco em resultados, apesar do aumento significativo de
recursos reembolsáveis". Em 2019, o FNDCT executou R$ 2,2 bilhões, em valores correntes. Já em 2025, sob a gestão do presidente Luiz Inácio Lula da Silva (PT), foram R$ 30,6 bilhões —dos quais R$ 14,2 bilhões foram liberados em 29 de dezembro, sem aderência ao PAI (Plano Anual de Investimentos).
