در حالی که مراسم تشییع رهبر جمهوری اسلامی به‌عنوان یکی از مهم‌ترین لحظات نمادین انتقال قدرت برگزار می‌شد، غیبت مهم‌ترین چهره این انتقال بیش از هر حضور دیگری به چشم آمد. «مجتبی خامنه‌ای» در این مراسم حضور نداشت، اما نام او بارها در میان شعارها، روایت‌ها و اظهارنظرهای رسمی و غیررسمی تکرار شد. نبودنش به ویژه از آنجایی بیشتر به چشم آمد که میثم، مسعود و مصطفی دیگر فرزندان «آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای»، رهبر پیشین جمهوری اسلامی در این مراسم حضور داشتند و حتی در صف نخست مراسم نماز میت پدر نیز حاضر شدند اما رهبر جدید نیامد.

این غیبتِ فیزیکی، با ابهام‌آفرینی و گزارش‌های ضدونقیضِ برخی رسانه‌ها در مورد حضور مخفیانه او در حاشیه مراسم همراه بود. برخی از حاضران نیز در مراسم عملا از برآورده نشدن انتظار خود برای دیدار او می‌گفتند: «تا آخرین لحظه، قبل از شروع نماز، مدام به اطرافیانم می‌گفتم که امیدوارم خودِ آقا بیایند. تنها خواسته‌مان همین بود و دعا می‌کنیم امام زمان نگهدارشان باشد.»

مجتبی خامنه‌ای بیش از آنکه با حضور فیزیکی در مراسم تعریف شود، از خلالِ همین غیبتِ بحث‌برانگیز در مرکز توجه قرار گرفت؛ غیبتی که به ابزاری برای تثبیتِ مشروعیت و تولیدِ روایت‌های نوین در ساختار قدرت بدل شده است. این مراسم نه صرفاً برای بدرقه رهبر پیشین، که برای تعریف مختصات دوره جدید بود؛ دوره‌ای که در آن بخشی از مردم با رهبر جدید «بیعت» می‌کنند و او را به «خون‌خواهی» پدر تشویق می‌کنند. آن‌ها می‌خواهند او به سرعت برای «انتقام» از آمریکا تصمیم بگیرد.