Como agregado de la Embajada de España en Berlín, en 1917 debía inspeccionar los campos de prisioneros de guerra. Durante su permanencia en Alemania tiene oportunidad de conocer las clínicas psiquiátricas y conocer las teorías nazis; conocimiento que le llevó a tomar partido por dicha ideología.
Ya en España dirigió una serie de clínicas psiquiátricas, entre ellas la de Ciempozuelos. Durante la Guerra Civil se convirtió en el máximo dirigente de los Servicios Psiquiátricos del franquismo, donde desarrolló sus teorías racistas y eugenésicas. Vallejo Nájera formuló su teoría sobre la degeneración de la raza española, que, según él, había ocurrido durante la II República. En 1931 comenzó a dar clases en la Academia de Sanidad Militar, centro donde se impartía la primera enseñanza de la especialidad. A pesar de su afinidad ideológicas entre Vallejo Nágera y López Ibor, ambos psiquiatras sostuvieron una gran rivalidad profesional; rivalidad que les llevó a despreciar cualquier afirmación del otro. Al parecer, era una práctica habitual en la medicina y en la academia española cuando dos "ilustres" catedráticos se dedicaban a una misma rama de especialización.
Antonio Vallejo Nájera pretendía crear una raza social donde los valores fundamentales fuesen: aristocracia, militarismo y catolicismo
