Todo ano, algumas questões do Enem são anuladas no cálculo das notas para evitar distorções no resultado. O mecanismo, considerado normal, também apareceu na edição de 2025, que teve três itens descartados após análise técnica do Inep, responsável pela aplicação da prova.

A exclusão ocorre dentro da TRI (Teoria de Resposta ao Item), modelo estatístico que estima a proficiência do candidato a partir do padrão de acertos. Para calibrar as questões, o Inep usa a estimação por máxima verossimilhança marginal, que ajusta parâmetros como dificuldade e discriminação de cada item e reduz o efeito de acertos ao acaso —o famoso "chute".

Uma questão é retirada quando é tão fácil ou tão difícil que não diferencia os candidatos, caso chamado de "problema de convergência", ou quando apresenta comportamento inesperado, com baixo poder de discriminação entre alunos de diferentes níveis.

Segundo o Inep, dois itens da aplicação regular —o 172 de matemática e o 125 de ciências da natureza, ambos da prova azul— foram excluídos por "problema de convergência". Já na reaplicação e na prova para pessoas privadas de liberdade (PPL), o item 62 (prova azul) de ciências humanas foi retirado por baixa discriminação.