Charlotte Bunne, professeure assistante à l'EPFL au sein de la Faculté informatique et communications (IC) et de la Faculté des sciences de la vie (SV), s'est vu décerner le prestigieux prix Lopez-Loreta en tant que lauréate de l'ETH Zurich.Ce prix lui a été décerné pour son projet de cinq ans intitulé « Virtual Patient Labs : simulation et diagnostics fondés sur l’IA pour l’oncologie de précision ». Au cœur de ce projet se trouve une idée unique : le patient virtuel. L’objectif est de mettre au point un modèle informatique fonctionnel de la biologie d’un individu, à toutes les échelles, des molécules et des cellules jusqu’aux tissus et aux organes. En regroupant les nombreuses données recueillis chez un patient dans un modèle in silico, les cliniciens pourraient simuler l’évolution d’une maladie et tester différents traitements avant d’en choisir un. Charlotte Bunne mènera ses recherches en tant que maître de conférences à l’EPFL au sein de son groupe « Artificial Intelligence in Molecular Medicine » (AIMM).« La prise en charge du cancer soulève de nombreuses questions contrefactuelles », explique Charlotte Bunne. « Nous observons ce qui se passe au cours du parcours thérapeutique qui a effectivement étéchoisi, mais pas ce qui aurait pu se passer avec un autre traitement, à un autre moment ou à la suite d’une décision diagnostique différente. Les patients virtuels permettent de rendre ces alternatives accessibles par le biais de la simulation informatique. Ils nous permettent de passer de la simple description de la maladie d’un patient à la question de savoir comment celle-ci pourrait évoluer en fonction de différentes interventions. »Cette recherche s'articule autour de trois piliers, validés auprès de différentes cohortes de patients : des modèles de base multimodaux permettant de représenter et d'intégrer l'ensemble des données d'un patient ; des modèles génératifs permettant de prédire l'évolution d'une maladie et de simuler l'effet de différents traitements ; et des outils d'aide à la décision dotés d'une capacité d'action, destinés à aider à mettre en évidence les mécanismes pathologiques, à choisir les traitements et les tests diagnostiques, et à identifier les variables de décision clinique. L'équipe de Charlotte Bunne testera chacun de ceséléments en collaboration avec les partenaires cliniques à l'origine de la « Virtual Patient Platform ».Ce prix est doté d’un million d’euros, ce qui permettra à Bunne de recruter davantage de chercheurs et chercheuses pour l’aider à mener à bien cet important projet.« Les projets de cette envergure sont extrêmement exigeants en raison du volume et de la complexité des données concernées, de l’ampleur du développement algorithmique, de l’évaluation approfondie requise et de la nécessité d’évoluer dans un domaine encore largement inexploré sur les plans scientifique et technique », explique-t-elle. « C’est ce prix qui nous permet de renforcer notre équipe pour mener à bien ce projet, et nous en sommes profondément reconnaissants. De plus, ce projet est rendu possible grâce à des ressources de calcul complémentaires que nous recevons du Centre suisse de supercalcul via Swiss AI. »Le prix Lopez-Loreta est décerné chaque année à quatre jeunes diplômés de master ou de doctorat de l’EPFL, de l’ETH Zurich, de l’École polytechnique de Palaiseau et de l’ISAE-SUPAERO de Toulouse afin de financer des projets d’exception sur une période de cinq ans. Bunne est la lauréate de l’ETH Zurich, où elle a obtenu son doctorat en informatique en 2023 et où elle a reçu la médaille de l’ETH pour sa thèse de doctorat exceptionnelle. Ce prix est financé par la Fondation Jean-Jacques et Felicia Lopez-Loreta pour l'excellence académique.