Az Eszterházy Károly Katolikus Egyetemen (EKKE) speciális modellváltó intézmény: ott nem egy közérdekű vagyonkezelő alapítvány, hanem a katolikus egyház lett a fenntartó. Az oktatók ugyanakkor Egerben is az autonómia teljes felszámolásáról beszélnek. A rektor és az egyház ezt a HVG-nek cáfolta.

Bár az átvétel során az egyházi fenntartó ígéretet tett az egyetemi autonómia biztosítására, az elmúlt fél évtizedben felszámolta azt, és gyakorlatilag kézi vezérlés alá helyezte az egyetemet– vallják az EKKE Történelemtudományi Intézet és Doktori Iskola munkatársai, akik még májusban kidolgoztak egy reformjavaslat-csomagot. A dokumentumot vitára is bocsátották, június 4-én a Professzorok Tanácsa meg is tárgyalta az abban foglalt felvetéseket.A 2020/21-es fenntartóváltási hullámban az Egri Főegyházmegye kapta meg az egyetem fenntartási jogát – és az intézmény teljes vagyonát. A szenátus és az egyetem polgárai akkor elfogadták az egyházi fenntartóváltást, mert ez számukra jobb alternatívának tűnt a „kekvásításnál”, vagy – ami szintén felmerült – a Miskolci Egyetemmel történő összevonásnál. Az átvételkor az egyház azt ígérte, hogy nem sérti az egyetem autonómiáját, és azt is, hogy felekezeti szempontok nem befolyásolják az egyetem működtetése során.Közjogi és egyházi méltóságok az egri Eszterházy Károly főiskola egyetemmé válásakor 2016-banMTI / Komka PéterBe nem tartott ígéretekA történészek azt állítják, hogy ehhez képest a „fenntartó előzetes jóváhagyása nélkül semmi sem kerülhet a szenátus napirendjére. Az egyetem vezetése a saját erős politikai béklyói miatt nem tudott szembe menni azokkal az elvárásokkal, amelyekkel maga sem értett egyet”. Lényegében megszűnt az egyetem önálló pénzügyi döntési joga, „ma egyetlen forint sem költhető el fenntartói jóváhagyás nélkül, hiába van éves, elfogadott költségvetés”.A történészek vitaanyaga azt is tartalmazza, hogy az ígértek ellenére „a vezetői és szakmai tapasztalatokat háttérbe szorítva meghatározóvá vált a felekezeti hovatartozás a vezetővé választás és az egyes pozíciók betöltése során”. A fenntartó ráadásul „ideológiai alapon a képzési ügyekbe is beavatkozik, a döntések nem transzparensek, a felsőoktatás-fejlesztéssel kapcsolatos javaslatok hónapokat állnak a fenntartói kompetenciahiány miatt, hátráltatva az egyetem fejlesztését és a munkát”.