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Dopo gli esordi con il Rimini e tre stagioni al Livorno, Protti disputò il campionato di Serie C1 1988-89 con la Virescit Bergamo, mettendosi in evidenza con 10 reti in 31 presenze. Le sue prestazioni convinsero l'allora presidente del Messina, Salvatore Massimino, a puntare su di lui come erede di Salvatore Schillaci, appena trasferitosi alla Juventus.Le stagioni al Messina
1989-90 (Serie B)Esordì tra i cadetti e conquistò subito il posto da titolare. Realizzò 12 gol in 36 partite di campionato (15 reti complessive considerando la Coppa Italia), contribuendo alla salvezza ottenuta dal Messina dopo lo spareggio vinto contro il Monza.
1990-91 (Serie B)Confermò le sue qualità segnando 9 reti in 35 presenze di campionato. Il Messina chiuse il torneo a metà classifica e Protti divenne uno dei beniamini del pubblico del vecchio stadio Celeste.
1991-92 (Serie B)Mise a segno 10 gol in 35 gare, risultando ancora il miglior realizzatore della squadra. Nonostante le sue reti, il club attraversò un periodo difficile che avrebbe portato a un ridimensionamento tecnico.
