La descrizione che Hegseth dà del proprio dipartimento, tuttavia, si allontana parecchio dalla realtà dei fatti: sotto la sua guida, il Pentagono ha portato avanti l'espulsione dei militari transgender in base al divieto voluto da Trump, un processo che a giugno un collegio diviso della Corte d'Appello federale ha temporaneamente bloccato per chi aveva fatto causa contro il bando, mentre l'amministrazione ha chiesto alla Corte Suprema di rivedere quella sentenza e nel frattempo di sospenderne l'efficacia.Non è la prima volta che Hegseth si esprime in questi termini sulla comunità trans. Al suo primo giorno di lavoro al Pentagono, il 28 gennaio 2025, aveva promesso di applicare gli ordini esecutivi di Trump, con lo stop ai programmi per diversità, equità e inclusione, il reintegro dei militari che avevano rifiutato il vaccino anti-Covid, la costruzione di uno scudo spaziale ispirato all'Iron Dome israeliano, e il bando delle persone transgender dalle forze armate, questa volta esteso anche a chi era già in servizio, a differenza del divieto imposto durante il primo mandato di Trump nel 2017. All'epoca le stime dell'Associated Press collocavano tra le 9 mila e le 14 mila le persone transgender in servizio attivo nell'esercito americano. Accanto agli attacchi ai militari trans, Hegseth ha promosso parallelamente la terapia sostitutiva del testosterone per i militari cisgender considerati carenti dell'ormone: un doppio standard su cui un giudice, nell'ambito della causa sul bando militare, ha chiesto al Pentagono di fornire spiegazioni. Per Nunn, il deputato per cui Hegseth faceva campagna, la questione dei diritti trans è già un tema centrale della sua corsa elettorale contro la senatrice democratica dello Iowa Sarah Trone Garriott, che Nunn accusa di essersi opposta al divieto di cure di affermazione di genere per i minori e alle restrizioni sulla partecipazione delle atlete trans allo sport femminile.