La directora anterior de la entidad era Irene Vélez Torres, quien lideró la institución hasta el cambio de administración presidencial.

El nombramiento fue oficializado por la ministra de Transporte, Elsa Noguera.

Tras la salida de Irene Vélez, ya se posesionó Sergio Piñeros Botero como director de la Agencia Nacional de Licencias Ambientales.