Una sombra de corrupción se cierne sobre el sistema universitario estatal. Según información recopilada por la contraloría, hasta fines del 2025 se registraban intervenciones de control en 43 universidades públicas del país. Muchas de ellas, en efecto, han sido objeto de denuncias, investigaciones fiscales e informes de la contraloría misma por presuntas irregularidades. La Universidad Nacional Mayor de San Marcos, por ejemplo, afrontó cuestionamientos relacionados con procesos electorales, contrataciones y gestión administrativa. La Universidad Nacional Federico Villarreal, en tanto, registró denuncias sobre elección de autoridades, conflictos de gobernabilidad e incumplimientos de la Ley Universitaria. Y la Universidad Nacional de Ingeniería fue señalada por denuncias de presunto nepotismo, corrupción y acoso sexual. Por diversas razones, la Universidad Nacional San Luis Gonzaga, la Universidad Nacional José Faustino Sánchez Carrión, la Universidad Nacional de Ucayali y la Universidad Nacional Intercultural de la Amazonía se suman a esta lista.

La rectora, jefes de administración y abastecimiento, asesor y hasta un candidato a rector ganador enfrentan cuestionamientos.

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