قوه قضاییه جمهوری اسلامی از اجرای حکم اعدام مهدی خانکی، از بازداشت‌شدگان اعتراضات سراسری دی‌ماه ۱۴۰۴، خبر داد. مقام‌های قضایی او را به «همکاری با رژیم صهیونیستی» و عضویت در یک «گروهک تروریستی» متهم کرده‌اند؛ اتهاماتی که جزئیات و مستندات آن‌ها به‌طور مستقل منتشر نشده و امکان راستی‌آزمایی آن‌ها وجود ندارد.

خبرگزاری میزان، ارگان رسانه‌ای قوه قضاییه، روز سه‌شنبه ۳۰ تیر۱۴۰۵ خبر داد که خانکی‌ به استناد «قانون تشدید مجازات جاسوسی و همکاری با رژیم صهیونیستی و کشورهای متخاصم علیه امنیت و منافع ملی» به اعدام و مصادره تمامی اموال محکوم شده بود.

در گزارش میزان آمده است که مهدی خانکی ۲۱ بهمن ۱۴۰۴ با گزارش سازمان اطلاعات فرماندهی انتظامی استان البرز و با دستور مقام قضایی بازداشت شده است. دستگاه قضایی مدعی است او ضمن عضویت در یک «گروهک ضدانقلاب»، اقدام به نگهداری سلاح و مهمات جنگی کرده و در راستای منافع اسرائیل و آمریکا فعالیت داشته است.

قوه قضاییه همچنین او را به «اقدام عملیاتی به نفع رژیم صهیونیستی و آمریکا» و «ساخت و نگهداری» سلاح متهم کرده، اما اطلاعات بیشتری درباره روند رسیدگی قضایی، شواهد ارائه‌شده یا نحوه دفاع متهم منتشر نکرده است.

قانونی که مبنای صدور حکم خانکی قرار گرفته، پس از اعتراضات سراسری سال ۱۴۰۴ در مجلس تصویب و به تایید شورای نگهبان رسید. این قانون دامنه اتهام‌های مرتبط با «جاسوسی» و «همکاری با دولت‌های متخاصم» را گسترش داده و برای برخی از آن‌ها مجازات اعدام در نظر گرفته است.