Calcisticamnte è cresciuto nel Barnsley, la squadra della città del South Yorkshire dove è nato il 28 maggio del 1994. Abitava però a Thurlstone insieme ai genitori Peter e Janet. Proprio a Thurlstone, nelle aule della Penistone Grammar School, ha conosciuto dodicenne Mille Savage, che poi sarebbe diventata sua moglie e dal 2018 è la sua ex moglie. Ha una figlia che attualmente ha 9 anni. Nel 2019 ha conosciuto Olivia Naylor e l'ha sposata nel 2025. Anche con la seconda moglie (che a sua volta era divorziata) ha avuto un figlio. Tornando alla carriera calcistica, con il Barnsley ha giocato due stagioni in Championship, la Serie B inglese. Nel 2013 è passato all'Everton per 3,5 milioni di euro e questa è stata la prima grande svolta della sua carriera. Il primo anno non era titolare (21 presenze in tutto), il secondo da un certo punto in poi sì: 23 presenze e 1 gol contro l Manchester United. Nell'estate del 2015 lo volevano molte squadre, soprattutto il Chelsea, ma l'Everton ha respinto tutte le offerte e ha avuto ragione. Un anno dopo, l'Everton l'ha venduto al Manchester City per 56,5 milioni di euro più 4 di bonus. E a quel punto Stones aveva solo 22 anni.