هم‌زمان با نزدیک شدن زمان انتقال تابوت علی خامنه‌ای به عراق برای اجرای مرحله تازه‌ای از مراسم تشییع رهبر پیشین جمهوری اسلامی، محمدرضا سیستانی، فرزند ارشد علی سیستانی، مرجع عالی‌قدر شیعیان در نجف، به دفتر علی خامنه‌ای اطلاع داده است که پدرش بر تابوت او نماز نخواهد خواند.

پیش‌تر محمدکاظم آل‌صادق، سفیر جمهوری اسلامی در عراق، اعلام کرده بود که مراسم استقبال رسمی از پیکر علی خامنه‌ای شامگاه سه‌شنبه در شهر نجف برگزار خواهد شد و آیین تشییع عمومی نیز از ساعت ۶ صبح روز چهارشنبه در شهرهای نجف و کربلا ادامه خواهد یافت.

در همین حال، جواد شهرستانی، داماد و نماینده علی سیستانی در ایران، نیز در مراسم تشییع و نماز میت علی خامنه‌ای در تهران حضور نداشت.

علی سیستانی، مرجع عالی شیعیان در نجف، سال گذشته و هم‌زمان با جنگ ۱۲ روزه، تهدید جانی علیه رهبر وقت جمهوری اسلامی را محکوم کرده و نسبت به پیامدهای آن هشدار داده بود. با این حال، او پس از کشته شدن علی خامنه‌ای در نخستین ساعات جنگ ۴۰ روزه، هیچ پیام یا بیانیه‌ای منتشر نکرده است.

خودداری علی سیستانی از اقامه نماز میت بر پیکر علی خامنه‌ای در حالی صورت می‌گیرد که جمهوری اسلامی از زمان کشته شدن رهبر دوم خود، مجموعه‌ای از مراسم تشییع و وداع را در چند شهر ایران برنامه‌ریزی کرده و اکنون نیز در تلاش است این آیین را با برگزاری مراسم در شهرهای مذهبی عراق ادامه دهد. غیبت مهم‌ترین مرجع شیعیان عراق در این بخش از مراسم، یکی از مهم‌ترین حاشیه‌های مرحله عراقی تشییع علی خامنه‌ای به شمار می‌رود.